서울서부지검 형사5부(이근수 부장검사)는 이날 김포공항 인근의 국토부 항공철도사고조사위원회와 김 조사관의 자택에 수사관들을 보내 이번 사건과 관련한 조사 기록 등을 확보했다. 

검찰에 따르면 김 조사관은 '땅콩 회항' 사건을 조사하면서 이번 사태의 은폐를 주도한 혐의를 받는 대한항공 객실승무본부 여모 상무에게 조사와 관련된 내용(공무상 비밀누설)을 수시로 알려준 혐의를 받고 있다. 

여 상무는 사건 발생 직후 직원들에게 최초 상황 보고 이메일을 삭제하라고 지시하고 거짓진술을 강요한 혐의로 검찰이 사전 구속영장을 청구키로 한 인물이다. 15년간 대한항공에서 근무하다 국토부로 옮긴 김 조사관은 여 상무와 친분이 두터웠던 것으로 밝혀졌다.  

국토부는 특별자체감사를 통해 이번 사건 조사가 시작된 8일부터 14일까지 김 조사관이 여 상무와 여러 차례 통화하고 문자메시지를 주고받은 사실을 확인하여 전날 검찰에 수사를 의뢰했다.

국토부는 김 조사관이 휴대전화의 일부 문자메시지를 삭제했다고 밝혔다. 이에 김 조사관은 국토부 감사에서 조사 차원에서 여 상무와 연락을 주고받았을 뿐이라고 해명한 것으로 알려졌다. 

검찰은 김 조사관의 휴대전화를 압수, 복원해 어떤 대화를 주고받았는지를 확인하고, 김 조사관을 서부지검으로 압송해 정확한 사실관계를 집중 조사할 방침이다.